В PHP 5 были сделаны некоторые изменения в именах исполняемых файлов CLI и CGI. В PHP 5 CGI-версия была переименована в php-cgi.exe (ранее php.exe), а CLI-версия теперь располагается в главной директории (ранее cli/php.exe).
В PHP 5 также появился новый режим: php-win.exe. Он эквивалентен CLI-версии, за исключением того, что php-win ничего не выводит и, соответственно, не открывает консоль (окошко dos не появляется на экране). Такое поведение похоже на php-gtk.
В PHP 5 CLI-версия всегда предоставляет глобальные переменные $argv и $argc, вне зависимости от каких-либо директив в php.ini. Даже установка register_argc_argv в off не повлияет на поведение интерфейса командной строки.
Смотрите также справочник по командной строке.