Архивы, основанные на формате файла zip, поддерживают некоторые возможности, встроенные в формат файла zip. Пофайловые и относящиеся ко всему архиву метаданные хранятся в файловых комментариях zip и в комментарии всего zip-архива в виде сериализованных строк. Уже существующие zip-комментарии будут успешно считаны в виде строки. Пофайловое сжатие при чтении/записи поддерживается в случае использования zlib-сжатия, а в случае использования bzip2-сжатия поддерживается доступ на чтение. Ограничений на количество файлов, содержащихся в phar-архиве, основанном на zip, нет. Пустые каталоги хранятся в zip-архиве в виде файлов с завершающим слешем как my/directory/.